Las líneas de investigación se seleccionan de acuerdo con la tradición de investigación del Laboratorio Geolóxico de Laxe y con la trayectoria profesional de los miembros del Instituto. En el momento actual se están desarrollando distintas líneas:
Geomorfología y Geología del Cuaternario.
Paleontología del Cuaternario.
Arqueología del Próximo Oriente y mundo Mediterráneo.
SIG (Sistemas de Información Geográfica).
Modelos hidrológicos, de flujo y transporte de contaminantes.