As liñas de investigación selecciónanse dacordo coa tradición de investigación do Laboratorio Xeolóxico de Laxe e coa traxectoria profesional dos membros do Instituto. No momento actual estanse a desenvolver distintas liñas:
Xeomorfoloxía e Xeoloxía do Cuaternario.
Arqueoloxía do próximo oriente e mundo mediterráneo.
Modelos hidrolóxicos, de fluxo e transporte de contaminantes.